El manga de Hunter × Hunter se publicó por primera vez en marzo de 1998 por la editorial Shueisha, en su revista de edición semanal Shūkan Shōnen Jump. A junio de 2017, Shueisha ha compilado 390 capítulos en 37 volúmenes en el formato tankōbon. A principios de diciembre de 2011, Shūeisha comenzó a publicar nuevas ediciones del manga en el formato de revista. La editorial publicó un volumen por mes hasta alcanzar un total de seis volúmenes, los cuales abarcan hasta el final del arco de Greed Island. En diciembre de 2012, Togashi escribió una historia titulada Kurapika Tsuioku-hen (クラピカ追憶編, ?) que se usó como precuela para la primera película animada de la serie. Sui Ishida, autor de Tokyo Ghoul, escribió un capítulo de 69 páginas centrado en el pasado de Hisoka. La historia se publicó digitalmente en la revista virtual Shonen Jump+ el 2 de Junio de 2016.
