Senku y Taiju son dos estudiantes de secundaria en Japón. El día que Taiju decide declararse al amor de su vida, Yuzuriha, un gran resplandor cubre el cielo y de alguna manera hace que toda la humanidad se convierta en estatuas de piedra. Más de 3700 años después. Taiju finalmente despierta de su encierro, y descubre que la sociedad humana ha sido aniquilada. Mientras caminaba encuentra a su amigo Senku, quien lo pone al tanto de la situación. Ahora, ambos deberán trabajar juntos para reconstruir la civilización y liberar a las personas, y entre ellas, a Yuzuriha.
