La historia se sitúa exactamente después del epílogo de la serie anterior, con los personajes a punto de iniciar la secundaria baja, tras un período de tranquilidad una vez que Sakura logró recapturar a todas las cartas. Ahora es momento de que la protagonista pueda relajarse y disfrutar de un nuevo ciclo escolar, con sus amigas de siempre y el regreso de Syaoran… Hasta que surgen complicaciones: las cartas de Sakura pierden su poder, y una vez más tiene que reiniciar su captura. Así nacen las “clear cards”, unas misteriosas cartas transparentes
