La historia comienza en el presente, durante la batalla final de Hades contra Seiya y sus amigos. En un momento crítico, el Dios de la Muerte confiesa que en la anterior Guerra Sagrada, él y Pegaso fueron amigos. Es entonces cuando la historia remonta 240 años en el pasado y relata la sangrienta Guerra Sagrada que se llevara la vida de la gran mayoría de los Caballeros. Tenma, el recién nombrado caballero de Pegaso y Alone, la reencarnación de Hades, son dos amigos de toda la vida cuyo destino los obligará a enfrentarse entre sí en una batalla épica de la que depende el futuro de la humanidad.