El juego constituye una secuela de A Link to the Past y muchos de sus componentes argumentales, su sistema de juego, y sus componentes artísticos están basados en gran medida en este. En efecto, la historia toma lugar en el mundo de la entrega de SNES seis generaciones después de su final y gira en torno a Link, un joven aprendiz de herrero que se ve en la tarea de salvar a siete seres conocidos como los Siete Sabios con el fin de evitar la resurrección de Ganon. El sistema de juego de esta entrega introdujo nuevos elementos respecto a sus antecesores en la serie, tales como la capacidad del protagonista de transformarse en una pintura y viajar por las paredes y una mayor libertad en las decisiones del jugador.
