20th Century Boys" narra la historia de Kenji Endo. Un joven con aspiraciones de estrella de rock, pero cuya vida toma un giro inesperado al hacerse cargo del negocio familiar y criar a su sobrina. Todo cambia cuando descubre la aparente muerte por suicidio de un amigo de la infancia, Donkey, quien le deja una misteriosa carta con un intrigante símbolo. Convencido de que hay algo oscuro detrás de este acto, Kenji reúne a sus antiguos amigos. Pronto descubren que el símbolo está relacionado con una secta liderada por alguien conocido como "Amigo". Este símbolo resulta ser idéntico al que ellos crearon en la infancia para su organización imaginaria destinada a salvar el mundo. Lo que comenzó como un juego infantil se convierte en una lucha real contra amenazas y villanos que siguen un plan aterrador basado en su antigua fantasía. La trama alcanza su punto culminante en la noche del 31 de diciembre de 2000, cuando el mundo enfrenta un cambio radical. La sobrina adolescente de Kenji, junto con nuevos personajes y miembros del grupo original, se embarcan en una peligrosa misión para desentrañar el misterio, enfrentando intrigas y peligros mortales en el camino.
