El juego está ambientado en Soleanna, la hermosa ciudad del agua. En su primera aventura en el mundo humano, Sonic conoce a una hermosa princesa llamada Elise, a quien rápidamente hace amistad, pero la Princesa Elise es secuestrada nada menos que por el calculador Dr. Eggman, quien trabaja bajo motivos oscuros y siniestros para destruir este reino especial. Para restaurar la seguridad y la serenidad, Sonic debe maniobrar a través de una serie de aventuras y desafíos donde encontrará e interactuará con una variedad de aliados y enemigos, y finalmente enfrentarse al amenazador doctor para frustrar sus malévolos planes. En el camino, Sonic se encuentra con un personaje misterioso llamado Silver. Bloqueándolo con poderes sobrenaturales únicos, ¡incluso al chico azul con actitud le resultará difícil superar al enigmático Silver! A medida que Sonic atraviesa el inmenso reino, los misterios se develan.
