La apasionante conclusión de la serie Mysterious marca el vigésimo aniversario de la franquicia Atelier, siguiendo la historia de los gemelos alquimistas: la reservada pero cariñosa Lydie Marlen y la excéntrica y despreocupada Suelle Marlen. Los jóvenes gemelos trabajan junto a su padre en el taller familiar, pero debido a su falta de experiencia en alquimia, rara vez ven clientes. Mientras trabajan duro para perfeccionar sus habilidades, el dúo descubre una pintura de aspecto misterioso, y cuando se acercan para investigar, las chicas se ven atraídas dentro de un mundo abundante con materiales raros perfectos para la alquimia. Este fatídico descubrimiento es solo el comienzo de la aventura de los gemelos que los llevará a su objetivo común de administrar el mejor taller del país.
